抑制土传病害特别是针对枯萎病、根腐病、早疫病、重茬引起的真菌、细菌等病毒性病害有很好的预防作用。
产生抑菌物质微生物在生长过程中产生多种具有抑菌、溶菌作用的物质，如枯草菌素、有机酸、抗菌蛋白等等，这些物质可以抑制病原菌的生长和繁殖，甚至破坏病原菌细胞，杀死病原菌。因此，枯草芽孢杆菌对于重茬病、根腐病、灰霉病等疾病防治效果很好。
增强免疫、促进生长使用本品后，有益微生物在作物根部大量繁殖，激活植物的免疫力与抗病性，减轻或消除病原菌对植株的危害，还可促进多种植物激素的合成，促进植物的生长发育，增强了植物的抗病性，从而间接地减少病害发生。
诱导植物产生抗性枯草芽孢杆菌不但能够抑制植物病原菌，而且通过诱导植物自身的抗病潜能从而增强植物的抗病性。如水木枯桔病生防菌枯草芽孢杆菌，能诱导水稻叶鞘细胞抗病相关的酶（POD、PPO 和 SOD）活性增强，达到抗病效果。
改良土壤改善土壤团粒结构，形成良好水稳团，促进团粒结构形成，提高土壤保肥保水能力，增加土壤疏松度，促进根系生长，具表促固氮，加速营养矿化，将养分由无效态和缓效态转变为有效态和速效态；同时，加速养料释放，分化腐殖酸，降解土壤中大部分的植物残体，产生生长素，刺激作物生长，提高作物产量。
增强土壤活力施用本品后，土壤中的放线菌门 (Actinobacteriota)、酸杆菌门 (Acidobacteriota) 和厚壁菌门 (Firmicutes) 的相对丰度显著提高，有益菌的优势地位充分显现，极大改善土壤微生态环境。
